欢迎来到青岛农业大学于浩团队
开放交流·合作共赢
山东省现代农业产业技术体系食用菌遗传育种岗位
原创内容，欢迎转载，转载请注明出处
注意事项
Mega是一个免费软件，本教程适用于MEGA 10、MEGA 11，更早的版本也可以参考。
对于我们这些初级用户而言用哪个版本没有区别，只要在文章里写出来就行了，关键是序列如何选择和如何处理。
软件下载地址：https://megasoftware.net/
MEGA需要使用fasta格式的文件构建进化树。
注明：fasta格式文件所在路径中不要存在中文，各个fasta序列之间不要存在空行，文本文档的后缀请修改为“.fasta”。
简单的多序列比对
首先打开Mega，点击 “Align图标”“Edit/Build Alignment”。
点击“Create a new alignment”“OK”。
点击“DNA”或者“Protein”。
点击“Open图标”，弹出的massage box点击“No”。
选择fasta文件，点击“打开”
如图：
点击“Alignment/Align by ClustalW”
默认全部选择，点击：OK
采用默认的选项，点击“OK”
运行中
生成如图：
根据需要判断是否删除不齐的部分序列，蛋白比对一定不能删除！！
点击“Data/Export Alignment/MEGA Format”。
点击“保存”
输入名字，点击“OK”
简单的进化树构建
重新回到主界面，点击“进化树图标”选择“Construct/Test Neighbor-Joining”。
不要选择Maximum Likelihood，速度太慢了，最大似然法建议用服务器来运行。
选择刚才保存的meg文件，点击“打开”，如果看不到”meg“文件，可以在下面文件类型中选择”*.*“。
在弹出对话框里面“Test of Phylogeny”中选择“Bootstrap method”，输入1000。
如下图，运算过程。
生成系统发育树。
点击“Image/Save as Enhanced Metafile (EMF)”，保存EMF格式文件。
选择保存路径，输入文件名，点击“OK”
生成的EMF文件用Adobe Illustrator或者Visio处理。
也可改变字体、颜色直接生成位图文件。
再保存Newick文件，选择“File/Export Current Tree (Newick)”
把“Branch Lengths”和“Bootstrap Values”前面的复选框勾选！！！
点击“OK”
在弹出的窗口选择“File/Save”，保存nwk文件。
该文件可以用于ggtree文件绘图。